第四十六条 　特定非営利活動法人は、法人税法 （昭和四十年法律第三十四号）その他法人税に関する法令の規定の適用については、同法第二条第六号 に規定する公益法人等とみなす。この場合において、同法第三十七条 の規定を適用する場合には同条第四項 中「公益法人等（」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第二項に規定する法人（以下「特定非営利活動法人」という。）並びに」と、同法第六十六条の規定を適用する場合には同条第一項及び第二項中「普通法人」とあるのは「普通法人（特定非営利活動法人を含む。）」と、同条第三項中「公益法人等（」とあるのは「公益法人等（特定非営利活動法人及び」と、租税特別措置法 （昭和三十二年法律第二十六号）第六十八条の六 の規定を適用する場合には同条 中「みなされているもの」とあるのは「みなされているもの（特定非営利活動促進法第二条第二項に規定する法人については、小規模な法人として政令で定めるものに限る。）」とする。
２ 　特定非営利活動法人は、消費税法 （昭和六十三年法律第百八号）その他消費税に関する法令の規定の適用については、同法 別表第三に掲げる法人とみなす。
３ 　特定非営利活動法人は、地価税法 （平成三年法律第六十九号）その他地価税に関する法令の規定（同法第三十三条 の規定を除く。）の適用については、同法第二条第六号 に規定する公益法人等とみなす。ただし、同法第六条 の規定による地価税の非課税に関する法令の規定の適用については、同法第二条第七号 に規定する人格のない社団等とみなす。

第四十六条の二 　特定非営利活動法人が、租税特別措置法 の定めるところによりその運営組織及び事業活動が適正であり、並びに公益の増進に資するものとして国税庁長官の認定を受けた場合において、個人又は法人が、当該認定を受けた特定非営利活動法人に対し、その行う特定非営利活動に係る事業に関連する寄附又は贈与をしたときは、同法 で定めるところにより、当該個人又は法人に対する所得税、法人税又は相続税の課税について寄附金控除等の特例の適用があるものとする。