ＮＰＯ法人を設立するためには、まず設立者が設立趣意書や定款案などを作成し、活動の趣旨に賛同する人（社員）を募り、設立総会を開催します。

そして、申請書類を整え、都道府県庁（事務所が２つ以上の都道府県にある場合には、内閣府）に対し設立の認証を申請します。

申請に対する認証・不認証の結果は、申請から４ヶ月以内に出されます。

そして、認証が得られたならば、２週間以内に事務所所在地を管轄する登記所（法務局）に対し登記申請を行います。

登記が完了したならば、都道府県庁（又は内閣府）に対し登記完了の届出を行い、手続きが完了します。

さて、ＮＰＯ法人を設立できたとして、そのままというわけにはいきません。

毎事業年度初めの３か月以内に、前事業年度の事業報告書等を所轄庁に提出しなければなりません。

事業報告書等の提出を怠った場合には、認証が取消しになることもありますので、ご注意下さい。

また、役員の氏名、住所若しくは居所に変更があったときや役員が新たに就任したときなど、変更が生じた場合は、遅滞なく変更届出書を提出しなければなりません。

その他、登記事項に変更が生じた場合には、法務局に変更登記をしなければなりませんし、法人によっては、税務署に法人税の申告をしなくてはなりません。