ＮＰＯ法人を設立するデメリットとして、下表のようなデメリットがあります。
| 設立申請手続きが面倒 | ＮＰＯ法人を設立するためには、かなりの量の申請書類や会計書類を作成しなければならないため、多くの手間を取られます。 |
| 毎年の事業報告義務 | ＮＰＯ法人を設立しますと、毎年、前年の詳細な活動報告や各種会計書類を作成し、官庁に提出する義務を生じます。また、代表者や役員が変更となった場合、法務局に変更登記を申請しなければなりません。これらの業務のためには、日頃から各種書類を整えていく必要があり、事務作業に手間を取られます。 |
| 活動内容に制限を受ける | 法人化により、事業内容は定款の制限を受けることになります。 |
| 納税義務を負う | ＮＰＯ法人として行った収益事業に対しては、一般の会社法人と同様に課税され、納税義務が生じます。（ただし、会費や寄付金による収入は課税されません）また、全く収益事業を行っていなくとも、法人住民税の納税義務が生じます。（収益事業をしない団体は免除されることがありますが、そのためには毎年４月に減免のための手続が必要となります。） |
その他に、これまで任意団体として所有してきた財産についても名義変更等の手続が必要となったり、既存の団体を法人化する場合に、既存の会員の移行方法によっては、認証を受けることができなくなる場合がありますので注意が必要となります。
